В 1563 г. власть в Сибирском ханстве захватил Кучум. Он занял враждебную к русскому государству позицию, препятствовал торговле русских с племенами Северного Обь-Иртышья, или Югры, как называли тогда этот район, изобиловавший ценной пушниной. Между тем русские еще в XI—XII вв. проникали в эти места, а позднее установили торговые отношения с местным населением. Они ходили туда на парусных лодках по Печоре, Оби, Тазу и связывающим их волокам. С XV в. племена Югры считались уже данниками Московской Руси.

Однако только после разгрома татарских ханств Ермаком в 1582 г. у Тобольска и войсками Московской Руси в 1598 г. на юге Барабы в устье Ирмени. левого притока Оби, огромный богатейший край открылся перед ними и для широкой торговли и для заселения. В составе феодальной России В Сибирь устремились казачьи отряды, «пашенные» крестьяне, служилый, промышленный и торговый, «гулящий» и «охочий» люд. Вскоре сибирские глухие «места отдаленные» были избраны царским правительством для каторги и ссылки. На протяжении всего нескольких десятилетий в конце XVI — начале XVII вв.

вдоль западносибирских рек в тундре, тайге, в Тоболо-Ишимской лесостепи и Кузнецкой котловине возникла сеть укрепленных городов, сел, деревень, заимок. Самыми крупными из них были тогда Тюмень (1586 г.), Тобольск (1587 г.) Томск (1604 г.), Кузнецк (1617 г.), Тара (1594 г.). Одновременно русские проникли в бассейн Таза, вблизи устья которого в 1601 г. была основана «златокипящая» Манга-зея — центр особенно богатой в то время пушниной Енисейской Сибири. Впрочем, через 70 лет в связи с оскудением пушных богатств в низовьях Таза центр этот был перенесен на Енисей в Туруханск, а сама Мангазея захирела; в 1969 г. удалось обнаружить остатки лишь нескольких ее сооружений. Сибирь давала огромное количество ценнейшего меха соболей, лисиц, бобров, белок, песцов — валюты того времени.

Особенно много пушнины шло в Европейскую Россию в виде ясака — натуральной подати, а также в результате торгового обмена, который из-за корыстного своевластия купцов граничил по своей неэквивалентности с прямым грабежом коренного населения. И хотя из-за хищнического истребления зверей пушные богатства Сибири стали резко уменьшаться, все же они и в последующие столетия занимали заметное место в сибирском вывозе. В южной тайге и северолесостепных частях Западной Сибири вокруг городов, вдоль рек и прокладываемых тогда гужевых дорог к XVIII в. сложились уже значительные по тем временам земледельческие ареалы, особенно обширные в Тоболо-Ишимской лесостепи, в Кузнецкой котловине и под Томском. В течение первых трех четвертей этого века русские владения продвинулись примерно до южных границ современной Западной Сибири. Для обороны сибирских земель от южных кочевников и прежде всего от манчжуро-ки-тайских феодалов, готовившихся к захватническим походам на север, вдоль рубежей на западносибирском юге строились линии укреплений — сначала Ишимская, потом еще южнее — в западной, степной, части края—Пресногорьковская, а несколько позднее на востоке в пределах алтайских предгорий — Колывано-Кузнецкая.