На равнине все рудные месторождения связаны в основном с осадочными породами, тогда как в горах юга Западной Сибири они, как правило, находятся в изверженных, нередко переотложенных и смятых в складки породах и лишь изредка в осадочных отложениях. В Горной Шории обнаружены богатые магнетитовые руды, связанные с еще девонскими изверженными породами — гранодиоритами, габбро и порфиритами. В них и в более древних горных породах Алтая обнаружены разнообразные рудные проявления цветных металлов: ртути (киновари), марганца, золота, сурьмы, вольфрама, серебра, меди. Кембрийские отложения Горного Алтая, Салаира и Кузнецкого Алатау достигают мощности 2500—3200 м и представлены мраморами, доломитами, известняками, кварцитами, сланцами, порфиритами. Сними здесь связаны месторождения полиметаллов, бокситов, соли.

Залежи железных руд и многих строительных материалов найдены также и в более молодых песчано-сланцевых туфах, застывших лавах, песчаниках, известковистых сланцах, мергелистых известняках ордовика и силура, возраст которых — 350—300 млн. лет. В Салапре в изверженных породах пермского периода разведаны значительные запасы полиметаллов — свинца, цинка, меди, серебра. В долинах салаирских рек и ручьев много россыпного золота, в нескольких местах там обнаружены промышленные запасы барита, редких металлов, найдены также бокситы — кислые алюминиевые руды.

В изверженных горных породах Кузнецкого Алатау обнаружены месторождения марганца и золота, здесь найдены также нефелины — сырье для получения металлического алюминия. Из нерудных месторождений Алтая следует отметить находки асбеста, залежи ценных мраморов, а также доломитов, яшмы, известняков, гравия, песчано-глини-стых строительных материалов, в частности стекольных кварцевых песков, огнеупорных и тугоплавких глин.